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“元”超级计算系统安装在中国科学院计算机网络信息中心怀柔分中心,是中国科学院超级计算环境总中心的新一代超级计算系统,用于替换已运行近6年的深腾 7000超级计算系统。“元”超级计算系统采用混合架构,支持异构计算,总计算能力约2.3Pflops(本简介所说计算能力均指双精度浮点峰值计算能力),其中CPU通 用计算能力700Tflops,采用Intel MIC及Nvidia GPU的计算能力共1.6Pflops。系统内存总量约140TB,存储总裸容量超过6PB。“元”超级计算系统由曙光公司研 制,分两期建设,一期已于2014年建设完成并投入使用,二期拟在2015建设完成。“元” 超级计算机计算系统(一期)总体计算能力303.4Tflops,其中CPU计算能 力152.32Tflops,MIC和GPU共151.08Tflops,具体配置如下:1.刀片计算节点:共有270台曙光CB60-G16双路刀片,CPU整体性能达到120.96Tflops。 每台刀片计算节点配置2颗Intel E5-2680 V2(Ivy Bridge | 10C | 2.8GHz)处理器,64GB DDR3 ECC 1866MHz内存。 2.GPU计算节点:共有30台曙光I620-G15,总性能达到83.64Tflops,其中CPU 13.44Tflops,GPU 70.2Tflops。 每台GPGPU计算节点配置2块Nvidia Tesla K20 GPGPU卡,2颗Intel E5-2680 V2(Ivy Bridge | 10C | 2.8GHz)处理器,64 GB DDR3 ECC 1866MHz内存。 支持CUDA、OpenACC、OpenCL,支持GPU Direct。3.MIC计算节点:共有40台曙光I620-G15总性能达到98.8 Tflops,其中CPU 17.92Tflops,MIC 80.88Tflops。 每台MIC计算节点配置2块Intel Xeon Phi 5110P(8GB内存)卡,2颗Intel E5-2680 V2(Ivy Bridge | 10C | 2.8GHz)处理器,64 GB DDR3 ECC 1866MHz内存。 支持对Xeon Phi的Offload卸载、Symmetric、Native原生模式调用。4. 存储系统:采用两套文件系统,使用Stornext并行文件系统做用户HOME和公共软件区存储,可靠性高,用户可用容量165TB; 采用曙光Parastor200做高性能工作区存储系统,I/O带宽高,用户可用容量为1.3PB。用户HOME目录:/home采用SNFS文件系统;公共软件安装目录:/soft采用SNFS文件系统; 用户工作目录:/work1采用曙光Parastor200并行存储系统。 5.系统配置1套采用56Gb FDR InfiniBand,全线速互连。6.系统配置4台登陆节点,通过均衡负载实现单IP登录。
集群 | 应用名 | 版本 |
---|---|---|
era | ABACUS | 1.0.0 |
ABINIT | 7.10.2 | |
AC | 2017 | |
ADF | 2016.104 | |
AMBER | 14、16 | |
APP_DGCPU | ||
APP_DGGPU | ||
APP_SGCPU | ||
APP_SGCPU_COR | ||
APP_SGGPU | ||
APP_SGGPU_COR | ||
ARCpilot-ATLAS | ||
AutoDock | 4.2.6 | |
AutoDock_Vina | 1.1.2 | |
Blast | ||
Caffe | 1 | |
CASTEP | 2017 | |
CHARMM | 40 | |
CP2K | 2.5.1 | |
CPMD | 3.17.1 | |
cuda_compiler | 6.0.37 | |
DFTB | 2017 | |
DIVIS | ||
DL_POLY | 4.06 | |
DMol3 | 2017 | |
DOCK | 4 | |
DS | ||
eMD | 1.2 | |
EspressoMD | 3.2.0 | |
FDS | 6 | |
Forcite | 2017 | |
GAMESS | 2013 | |
Gaussian | 09E01 | |
Gclust | 1.0 | |
Geant4 | 4.0 | |
generic | ||
gnu_compiler | 4.4.7 |