KaKs

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原核生物基因预测计算序列的非同义和同义替换率Ka/Ks(dN/dS)

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ParaAT

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编码蛋白质DNA序列并行比对工具

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PGAP

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PGAP(Pan-Genomes Analysis Pipeline) 是一款用于原核生物泛基因组学分析的自动化软件。

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软件类型商业软件,开发者:
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主要功能

它主要包括以下五大功能:

  1. 功能基因的聚类:根据序列相似性,将所有细菌中的功能基因按功能聚类成不同的基因簇
  2. 泛基因组特征分析:拟合细菌的泛基因组特征曲线以及分析泛基因组开放、闭合特征
  3. 功能基因的遗传变异分析:分析所有功能基因中突变、插入删除位点
  4. 物种演化分析:基于核心基因中的SNP位点信息和基因簇的有无,分析细菌的演化关系
  5. 基因簇的功能富集分析:根据COG分类,分析不同保守程度基因簇的功能富集特征

Glimmer3

版本:3.02

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原核生物基因预测

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Prodigal

版本:2.6.3

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原核生物基因注释

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CPC2

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CPC2是一款利用序列的内部特征和机器学习算法来预测转录本的编码潜能的工具,它在同类型工具中有着极好的表现。

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